Koronawirus

karolina_, nie wiem czy robią one tube, pewnie tak bo tak powinien wyglądać szybki test diagnostyczny, nikt nie będzie tracił czasu na przepipetowywanie między PCRówkami. To wyjaśnienie z "nie do diagnostyki" miałoby prawdopodobieństwo, ale wnioskując po anegdotycznych przykładach dotychczasowych, to raczej nie ten przypadek.

Ja szukam tam tej wielkiej innowacji i jedyne co mi przychodzi do głowy to opracowanie odpowiednich warunków reakcji, w tym czasu cykli i temperatury i spakowanie odczynnikow jako premix z gotowym protokołem. Innej innowacji nie widzę. Chociaz ja robilam nieduzo biologii molekularnej a głównie elektrofizjologie, więc może coś mi umyka.

I nie jesteś odosobniona  😉

Powiedziałabym ze mnie jeszcze dziwi ze 3 tygodnie pracy dzień i noc całego zespołu zajęło ogarnięcie jednego PCR. Ale w sumie natura eksperymentu jest to że nie działa  🤣

Jeśli dzięki temu testy zaczną być robione: milion w środę, milion w sobotę to będzie wspaniale. Czekam na rezultaty.

Lekarze też mowią, że „brak testów”, czy może im chodzić o to, że brak zestawów do pobrania wymazu?

„Tomasz Ozorowski, szef zespołu kontroli zakażeń i szef sztabu kryzysowego w poznańskim szpitalu, konsultant woj. mikrobiologii :

Walka o maski, testy, rękawiczki. Każda rozmowa z Ministerstwem Zdrowia i Urz.Woj.wygląda tak samo: pytamy, kiedy będą maski, słyszymy: "Nie wiemy. Złóżcie zamówienie". Składamy. Zamiast 50 tys. przychodzi 50 szt. Zużywamy je w godzinę. Nie mamy testów, albo się kończą. Ministerstwo nie chce kupić nowych. Walczymy sami. Próbujemy kupić testy na własną rękę. Wydajemy na nie bajońskie sumy, zadłużamy się… Minister zdrowia? Zbywa, kluczy, milczy. Zero pomocy, zero informacji. Jesteśmy pozostawieni sami sobie.”*

*z fejsa, opatrzone zdjęciem lekarza więc chyba nie fejk.

Tylko, że to nie chodzi o to , że fejk, że testy nie są robione. Tylko, o to, że są dostępne wszystkie odczynniki żeby je zrobić, tylko nie ma kto zapłacić. Jest różnica między: testów nie ma, chcielibyśmy kupić, stajemy do przetargów, ale nie ma, fizycznie nie ma, a: nie ma, bo nie kupujemy. To jak z rękawiczkami w pierwszym tygodniu, w magazynach firm były, a szpitale/sanepid nie miały pieniędzy (albo wiedzy jak zamówić). Zresztą dokładnie to jest w tym tekście, który bobek wkleiłaś, że ministerstwo nie kupuje "testów" (czyli zestawu odczynników, które są potrzebne w sumie), a nie że skończyły się na całym świecie. I to nie tak, że lekarz sobie kupi test, tylko musi go zrobić laboratorium, które jest odpowiednio wyposażone (od pobrania do wrzucenia próbki do roztworu lizującego jest to zakaźny materiał, więc musi to być laboratorium odpowiedniej klasy bezpieczeństwa) i ma termocykler do real-time.

Z tym "polskim testem", jak tłumaczył szef tego zespołu PAN, chodzi o to, że opracowali/dobrali odczynnik unieszkodliwiający cov 19, z zasobów krajowych,
by testy PCR mogły robić zwyczajnie wyposażone laboratoria.
"Wolontariat" dotyczył zgłoszenia się do tej pracy, i pracy non stop kolor, z odłozeniem swoich grantów etc.,
bo jednak naukowcy są na etatach.
Z tymi "testami" to chyba chodzi o zamkniętą formę/kapsułę, która dalej idzie do labu.
I wtedy ten lab nie musi mieć wybitnej referencyjności, klas zabezpieczeń etc.
Bo do labu  tip-top, dla materiału wysoce zakaźnego, to próbki, zwykłe syntetyczne watki na syntetycznych patyczkach, można... wysłać pocztą.
W woreczku strunowym i kartonowym pudełku. Tylko takie laby to chyba w Polsce są wszystkiego 3.

Łączne testy IgG i IgM dawały pod 100% trafności, ale 18 dnia od objawów, wcześniej i później już słabiej.
Czy ktoś się orientuje jak to jest po dłuższym czasie?
Czy ktoś orientuje się, na jakiej podstawie szacuje się czas nabytej odporności na 2-3 miesiące?

Oglądałam w tv dość pokazny material o tym tescie i bazuje on na polskich/dostępnych w Polsce odczynnikach i jest on wykonywany przy pomocy termocyklera (real time). Jednocześnie mogą robić 100 testów, trwa to ok 8 godzin. Reporter zapytal, czy to oznacza, że kazde laboratorium szpitalne może go wykonać i tu odpowiedź byla niejednoznaczna, zdaje się że tworcy testu wspomnieli coś o zakupie urządzeń. Wspomnieli tez, ze oni mogą tych testów wyprodukować dużo i będzie to mialo sens jeśli inne laboratoria będą zainteresowane przeprowadzaniem go. Cena wyprodukowania testu od jego zakupu jest dziesięciokrotnie nizsza, więc nasuwa się pytanie, czy inne laboratoria w to wejdą (pewnie kwestia opłacalności zakupu tego sprzetu).
Coś jeszcze mowili o tym, że ten test ma możliwość pokazac, czy probki byly odpowiednio pobrane, przechowywane, czy znajdują się w niej jakies zanieczyszczenia (typu naskórek).

W skrócie: w biologii molekularnej można używać odczynników rożnych firm, które powinny dawać porównywalne rezultaty, nie zawsze tak jest, ale to tylko źle świadczy o konkretnej firmie. To, co zrobiono w Poznaniu, to pokazano, że odczynniki kilku polskich firm działają porównywalnie z odczynnikami innych, renomowanych firm i zwalidowano na dwie różne pary starterów: dla SARS-COV2 i dla jednego z ludzkich genów (nie chce mi się szukać konkretnie co używają). W normalnych warunkach powinni to zrobić pracownicy działów B+R producenta, tutaj wykorzystano darmową siłę roboczą młodych ludzi, którym przyświecały szczytne cele. Nie wiem co prawda co na to grantodawcy, ale przyjmijmy, że na ten czas wolontariusze wzięli urlop, albo pracowali po godzinach nie zaniedbując swoich zwykłych zadań. Do standardowych kontroli, dodano kontrole wewnętrzną ze starterami ludzkimi, i fajnie, to może być innowacją, załóżmy, że w żadnym innym teście diagnostycznym nikt tego nie robił dotąd. Próbkę transportuje się na waciku (ten woreczek strunowy i tekturka trochę by przeczyły łatwemu rozprzestrzenianiu się wirusa, ale OK) i dalsze kroki robi się w laboratorium co najmniej 2 klasy bezpieczeństwa, przenosi się do roztworu lizującego  niszcząc białka kapsydu (to pewnie ten odczynnik z zasobów krajowych, o którym pisze halo) i od tego kroku wirus nie jest zakaźny. Ale coś za coś. Albo jest nieuszkodzony i zakaźny, albo uszkadzamy, co wystawia jego RNA na zniszczenie-degradację i jest niezakaźny. Testowanie zdegradowanego RNA nie ma sensu, bo wyniki nie będą miarodajne. Od tego momentu można pracować w normalnym laboratorium, ale czas między lizą a dalszymi krokami nie może być zbyt długi, bo patrz poprzednie zdanie. Zastosowanie więc krajowego odczynnika (który charakteryzuje się tym, ze został wyprodukowany w Polsce a nie gdzie indziej) trudno nazwać innowacją. Żeby zmodyfikować protokół i od razu po pobraniu unieszkodliwić wirus i tak go transportować do laboratorium z termocyklerem do real-time PCR trzeba by wykazać, że nie wpływa to na wiarygodność testów, czyli trzeba by przeprowadzić eksperymenty z zakaźnym wirusem pobieranym od zakażonego pacjenta tradycyjnie lub wrzucanym od razu do buforu lizującego i przeprowadzenia wystarczającej ilości prób. W sumie: wykazano, że można stosować polskie odczynniki (do lizy, do izolacji RNA, do odwrotnej transkrypcji, do qRT-PCR), co jest godne pochwały, bo pokazuje, że gdyby nastąpił całkowity lockdown i odcięto nas od odczynników z zagranicy możemy sobie poradzić i super. Tylko co w tym innowacyjnego? Z drugiej strony, gdyby się okazało, że polskie firmy sprzedają odczynniki do izolacji itd, które nie działają, to byłoby trochę słabo. Wykorzystano młodych ludzi, do wzmocnienia pozycji firm komercyjnych. To rzeczywiście może być innowacja. Innowacją prawdopodobnie jest wykorzystanie jako wewnętrznej kontroli starterów specyficznych do ludzkiego mRNA (naskórek, patrz dalej) i to myślę, że jest fajne. I opracowano protokół zastosowania tych starterów. Podsumowując: do odczynników już produkowanych przez firmy standardowo dorzucamy, oprócz starterów rekomendowanych przez WHO startery do ludzkiego mRNA, i tylko ta ostatnia rzecz jest innowacyjna. Ile było w próbce wirusa pokazują wszystkie inne, dotychczas stosowane zestawy. Nie wiem jak można by uniknąć zanieczyszczenia ludzkim naskórkiem, bo sam sposób pobierania się z tym wiąże. Z drugiej strony właśnie po to się stosuje te startery"na naskórek" by wykazać, że cała procedura izolacji, i dalsze kroki przebiegła prawidłowo.  


EDIT: Ilośc jednocześnie przeprowadzanych oznaczeń zależy od tego jaki mamy termocykler do real-time PCR, nie od tego jakie stosujemy odczynniki. Większość takich termocyklerów jest na płytki 96-dołkowe, więc można jednocześnie robić 96 oznaczeń. Kluczowy jest termocykler, który jak pisałam kosztuje około 100 tys PLN, choć teraz w związku z popytem i zmiana cen walut cena mogła się mocno zmienić. Szacowany koszt przy wykorzystaniu odczynników komercyjnych to około 50-60 PLN za oznaczenie w duplikacie, czyli około 30 PLN za jedną reakcję. 

dubel

Nikt nie pisał, że wirus przenosi się łatwo, tylko że różnymi drogami i jest zdumiewająco trwały.
A do tej trwałości nie trzeba wilgoci.
No i, wedle wszelkiej wiedzy, musi wniknąć w śluzówki.
Sposób pobierania próbek i zalecenia co do przesyłania pojawiły się na początku epidemii (w Polsce),
możliwe że już to wygląda inaczej.

halo, A nie jest tak, że IG G utrzymuje się wiele miesięcy po, jeżeli ktoś był chory i wyzdrowiał? Ktoś wie ? 👀

Pisałam o tym kilka stron temu. Przeciwciała w klasie IgG mogą się utrzymywać od kilku lat aż po całe życie (nie wiem jak w przypadku tego konkretnego wirusa, ale tego chyba nikt jeszcze nie wie).

Jabberwocky, jeszcze kwestia ilozacji RNA, jesli nie jest automatyczna to na myśl o pipetowaniu kilka razy do 2-3 zestawów 96 próbek dziennie czuje jak mi rosną siwe włosy i wracają zle wspomnienia 🤣

Oj tam, karolina_, załatwia się wielokanałówką albo wolontariuszami/studentami/doktorantami 🙂. Można zautomatyzować, są roboty do wszystkiego, ale to są już duuuuże koszty i na pewno SANEPIDu czy nawet prywatnego laboratorium, jeśli nie ma zapewnienia wykorzystania i to jeszcze w długim horyzoncie, nie będzie stać. Myślę, że gdyby był sygnał wykorzystania sprzętu i ludzi z ośrodków uniwersyteckich, nikt by nie protestował i nikt by nie odmówił.
Ale poważnie, w zasadzie jeśli rezultatem skierowania do produkcji tego "pierwszego, prawdziwie polskiego testu" będzie wykonywanie większej ilości oznaczeń i to przesiewowo, na skalę na którą planuje niemiecki Instytut Roberta Kocha (tylko oni na innej fazie epidemii, więc będą oznaczać przeciwciała akurat) to trzymam kciuki. Bo dopóki nie wiadomo w jakiej fazie epidemii jesteśmy, czy przyrasta, w jakim tempie (na przykład co ile dni podwojenie), to każda decyzja typu: luzujemy albo: utrzymujemy dotychczasowe status quo jest wróżeniem z fusów.
halo, na twoje pytania o przeciwciała nie odpowiem, bo immunologia to kompletnie nie moja bajka.

Jabberwocky, oni maja gdzieś liczby, będą luzować, bo już Giżyński w tvn24 dziś mówił. Przecież do wyborów musi być już luźno 😀

https://tiny.pl/7q1t1 oo a to nasz szpital jednoimienny zakaźny w Poznaniu  🤔

Srrzyga, wolę wierzyć, że ktoś jednak panuje nad tym co się dzieje, albo przynajmniej jest świadomy. Z drugiej strony patrząc na niefrasobliwe zachowanie posłów w sejmie bez przestrzegania odległości choćby, i na tryb zachowania się tychże 10 kwietnia można dojść do wniosku, że jednak cała ta afera z sars-cov2 to ściema, przejmowanie się jest bez sensu, a zamknięcie większości kraju w domach to nieporozumienie.

Na dziś czas podwajania w Polsce to 9 dni.
Zwolniło znacznie. Przed zaostrzeniami było ca 5 dni.
Pytanie czy święta zmienią sytuację, ale chyba już widać, że raczej na korzyść.
Pustki, ludzie świętują w domowym zaciszu.
Piszecie tak, jakby w sanepidzie i ministerstwie zdrowia nie było epidemiologów itd.
Na moje - są, zawsze byli są i będą. Co więcej - sądzę że to nieźli fachowcy.
Wszystko wygląda na robione bardzo, bardzo z głową.
Realnie - na daną sytuację, czyli np. brak środków ochrony etc, nie życzeniowo, na sytuację idealną.
Czyjeś komputery bardzo mocno pracują.
Pewnie że lepiej byłoby znać wszystkie faktyczne przypadki, ale takiego komfortu nie ma nikt.

Perlica, dlatego pytam, bo IgG powinny utrzymywać się długo.
Ale problemem, zdaje się, jest spore tempo zmniejszania się. Versus sprawność/czułość/wiarygodność testów.
Szukałam, ale na razie nie znalazłam, czemu szacuje się czas odporności na 2-3 miesiące.
Na wrzesień, przy dobrych wiatrach,  wstępnie zapowiadają serum przedłużające nabytą odporność.
Co byłoby bardzo ważne dla pracowników medycznych.
Wygląda na to, że odpowiedź immunologiczna jest wyraźna, tylko:
a) pojawia się dość późno
b) trochę szybko zanika

W szpitalu w Kaliszu zmarła 7-letnia dziewczynka  😕

halo, naprawdę, zazdroszczę ci tej wiary. Nie chodzi o to, że brak epidemiologów. I epidemiolog i komputer muszą mieć wiarygodne dane, na których mogą pracować. I dlatego wcale bym nie była pewna tego czasu podwajania.

edit: sytuacja idealna, hmmm, a za ten brak środków ochrony odpowiada kto? Nie ci przypadkiem, którzy w agencji rezerw materiałowych zajmowali się gromadzeniem miału węglowego?

U mojej rodziny... mają sąsiadkę pielęgniarkę z potwierdzonym koronawirusem.
Siedzi w domu a jedynym objawem była podwyższona temperatura ok 38 i problemy ze smakiem i węchem.
Mieszka z nią osiemdziesięciopięcioletni ojciec.
On też miał przez cztery dni czy pięć dni lekko podwyższoną temperaturę i też upośledzony smak i węch
W tej chwili oboje chyba mają najgorsze za sobą.
Ojcu nikt nie pobrał próbek do badania i raczej nikt nie pobierze.
Myślę, że te optymistyczne ilości nowych zakażeń to ściema.
Jak się nie sprawdza to trudno o dużą ilość nowych przypadków.

A czy jest w ogolę jakikolwiek kraj w którym nie zabrakło środków ochrony dla wszystkich szpitali? Niemcy?


To jest trochę straszne 🙁 8 godzin czekania na przyjecie chorego, a jak ktoś w kiepskim stanie? 
Wideo na fb - kolejka karetek do szpitala w Rosji

Arimona, nie wiem w ilu krajach pierwszego świata zabrakło środków ochrony w pierwszym tygodniu po ogłoszeniu stanu epidemii. NIewykluczone, że jesteśmy w awangardzie.

W szpitalu w Kaliszu zmarła 7-letnia dziewczynka  😕

Masz jakiś link?

Ja w każdym razie wykonam test Ig G oraz Ig M, choćby po to żeby zobaczyć jakie poziomy wyjdą.
Przy krztuścu po 4 miesiącach od zarażenia , choć nie wiadomo kiedy do niego doszło dokładnie może i nawet wcześniej, bo nie miałam objawów, a tylko już potem powikłania pokazały że coś jest nie tak, Ig G miałam 7 razy ponad normę.

Zdam relację, napiszę ile się czeka. Małżonek spękał i mówi, że tylko ja mam zrobić to już starczy i będziemy wiedziec , bo jeśli moje przeziębienie dziwne to było to, to on musi być tak czy siak odporny, bo przecież razem mieszkamy, śpimy itp. W sumie może to i racja, wydamy jedno 330 pln .

[quote author=Lotnaa link=topic=103024.msg2922964#msg2922964 date=1586714085]
W szpitalu w Kaliszu zmarła 7-letnia dziewczynka  😕

Masz jakiś link?
[/quote]
Też nie mogłam nic znaleźć.

bobek, właśnie próbuje znaleźć jakieś bardziej wiarygodne źródło i nie mogę, potencjalny fake? Niby mialo byc to potwierdzone na twitterze MZ ale nic tam takiego nie ma. Mam nadzieję, że do nieprawda.

Arimona, w DE też nie było różowo ze środkami ochrony. M.in. dlatego wciąż nie wprowadzono obowiązku noszenia maseczek, bo sa braki...

Jabberwocky
Jeśli nie wiesz, rozumiem ze to jest tylko Twoje odczucie, czy masz jakieś statystyki / porównania?

Lotnaa
Tak mi się wydawało ze wszystkie kraje EU ta zaraza jednak zaskoczyła, mimo ze w Chinach to zaczęło się wcześniej, bo nikt nie pomyślał ze się to aż tak rozhula.
Ale może są kraje o które lepiej sobie poradzili.

Znalazłam link taki z wczoraj, ale 11 letnia dziewczyna z Wielkopolski.
KLIK


Daleko mi od nazywania sytuacji w Polsce idealna, ale nie wygląda to jeszcze bardzo złe i mam nadzieje ze te statystyki co mamy nie okażą się zupełnie od czapy po wyborach.  🙁